Noch vorhandener Zeuge der ersten Kirche
Beroa (Bärenthal) in Urkunden des Klosters St. Georgen 1092 erstmals genannt, lag im Scherragau, später in der Grafschaft Hohenberg. 1334 stellte Graf Rudolf von Hohenberg seiner Schwiegertochter Ursula von Pfirt das Pfand Bärenthal in Aussicht. Durch Käufe und Schenkungen besonders des schwäbischen Adels, erhielt die Augustinerpropstei Beuron um die Mitte des 13. Jahrhunderts Besitz und Rechte auf dem Hardt und im Bäratal. In diesem Zusammenhang taucht auch zum ersten mal die Bezeichnung ''St. Johannes" für das Kirchengut auf. Das Kloster Beuron suchte seine Grundherrschaft auszuweiten, unterhielt Zehntscheuern für einzelne Gehöfte in Worndorf, Buchheim, Leibertingen, Bubsheim, Bärenthal und Mengen.
Bestrebungen zur landeshoheitlichen Freiheit brachten Beuron immer wieder in Konflikt mit den Herren von Enzberg als Vögten sowie mit dem Erzhaus Österreich, das 1381 die Grafschaft Hohenberg gekauft hatte. 1451 erkannte das Stift an, dass seine Besitzungen auf dem linken Donauufer in hohenbergisch-österreichischem Territorium liegen. Der Besitz aber auf dem rechten Donauufer und damit das Stift selbst lag in der Mühlheimer Herrschaft. Erst unter Propst Vitus (15 74-1614) lebte der Streit über die Erbkastenvogtei wieder auf. In einem Vertrag vom 15. März 1615 verzichteten die Enzberger auf die Kastenvogtei und den Schirm über das Stift.
Die Seelsorge in Bärenthal lag seit den ältest bekannten Zeiten dem Kloster Beuron ob.
Beuron hatte in den Jahrzehnten zuvor einen inneren Niedergang durchgemacht, bei der Wahl eines Propstes im Jahre 1537 waren nicht einmal mehr sieben Konventualen im Stift, so dass der Bischof von Konstanz einen Konventualen aus der Abtei Kreuzlingen als Verwalter in Beuron einsetzte. Erst dem genannten Propst Vitus Hainzmann (1574-1614) gelang es, den Zustand des Stiftes im Hinblick auf das geistliche Leben wie die Wirtschaftslage wesentlich zu verbessern
Schon im ersten Jahr seiner Regentschaft schenkte er der Pfarrei St. Johannes, Bärenthal, einen neuen Taufstein, der bis zum heutigen Tag noch erhalten ist. Der wertvolle gotische Taufstein im Achteck aus Sandstein gehauen, trägt die Jahreszahl 1574. Fünfblättrige Ornamente zieren die acht Seiten des Taufbeckens. Der Fuß des Taufsteins zeigt eine Besonderheit auf, er hat nämlich im Kern eine röhrenhafte Öffnung ins Erdreich hinein, wahrscheinlich, um das Taufwasser direkt abfließen zu lassen. Bei der Restauration des Taufsteins im Jahre 1958 wurde ein Teil des defekten Sockels herausgenommen und als Grundstein für das Weihwasserbecken verwendet. Jedoch wurde dadurch diese Originalität im Gesamten etwas gestört. Der Taufsteindeckel wurde nach einem Entwurf von P. Ansgar Dreher, OSB Beuron, durch die Fa. Herzer, Schwäbisch Gmünd, angefertigt.
Für einen ersten Kirchenbau gibt es keine schriftliche Urkunde, jedoch der Name ''St. Johannes'' schon im 13./14. Jh. und der Taufstein vor der Errichtung der jetzigen Friedhofskirche (1588) sprechen dafür.